Cooper sinh ra ở Monrovia, Liberia và học ngành báo chí tại Đại học Bắc Carolina tại Đồi Chapel, tốt nghiệp cử nhân năm 1987.[8] Tổ tiên của bà bao gồm hai người định cư đầu tiên của Liberia, Elijah Johnson và Randolph Cooper.

Trong một phần về phản ứng của bà đối với chính quyền Trump đóng băng đối với người tị nạn Hồi giáo, Cooper kể lại trải nghiệm của chính mình khi là một người tị nạn 13 tuổi rời Liberia. Cha bà bị bắn (nhưng vẫn sống sót), anh họ của bà đã bị xử tử, và mẹ bà đã đồng ý bị những người lính hãm hiếp để bảo vệ bà và các chị em của bà. Họ đến Mỹ bằng visa du lịch, họ đã quá hạn cho đến khi ân xá của Ronald Reagan đưa cho họ thẻ xanh. Khi bà đọc một tài khoản về một gia đình Iran được đưa ra khỏi máy bay, bà nhớ rằng gia đình bà đang chờ đợi chuyến cất cánh ở Liberia như thế nào, cầu nguyện rằng sẽ không có ai cất cánh.[9]

Helene Cooper là anh em họ đầu tiên với Wilmot Collins, thị trưởng hiện tại của Helena, Montana. Ông được biết đến là người da đen đầu tiên được bầu làm Thị trưởng của một thị trấn hoặc thành phố Montanan (sau khi được thành lập vào tháng 11 năm 1889).[10][11]